尽管细菌和病毒都属于微生物，但它们是非常不同的东西，病毒是个体微小，没有完整的细胞结构。菌种一般为单细胞，细胞结构简单，具体从细胞大小、病毒大小、结构、繁殖方式、检测指标、治疗方法等方面有所差异，分析如下：
1、体形
细菌和病毒根据种类的不同，具体大小会有差别，但是细菌一般都是以微米为单位，在普通光学显微镜下都能看见，而病毒则要小一些，通常以纳米或毫微米为单位，必须使用电子显微镜观察；
2、其结构不同
细菌是由细胞壁、细胞膜、胞浆、核等组成的单细胞有机体。其结构简单，无细胞结构，主要由内核酸（DNA或RNA）及外蛋白壳构成，不能独立生存，必须寄生于活细胞内；
3、不同的繁殖方式
主要通过无性二分裂方式繁殖，即细菌生长到一定时期，在细胞中间逐渐形成一条横隔，由一个母细胞分裂成两个等量大小的子细胞。又称自我复制是病毒复制，它在分子水平上以复制的方式实现自我增值；
4、检测指标不同
被细菌或病毒感染后，血常规特征也不一样，如果白细胞计数升高，主要是中性粒细胞升高，有可能是细菌感染。如白细胞计数正常或下降，伴有淋巴细胞计数升高时，应考虑病毒感染；
5、处理方法不同
被细菌或病毒感染后，抗细菌药物和抗病毒药物不能相互交叉使用，细菌感染的药物主要是抗菌药物，主要是青霉素类、头孢类、大环内酯类、四环素类、喹诺酮类、氨基糖苷类，这些药物都有杀菌抑菌作用。如果病毒感染需要用抗病毒药物进行治疗，包括核苷类药物如恩替卡韦，转录酶抑制剂如法韦仑，奥司他韦等，以及更昔洛韦等DNA多聚酶抑制剂，主要是通过对病毒复制周期的某个环节产生影响。
